10,000円を請求したのに、取引先が振込手数料440円を差し引いて、9,560円を振り込んできた。こういう入金は、よくあります。インボイス制度では、この差額をどう扱うかによって、売手がすることが変わります。この記事は、国税庁の「適格請求書等保存方式に関するQ&A」（令和8年5月改訂）の問28・問29にもとづく、一般的な整理です。
差し引かれた440円は、取引当事者間の契約関係などによって、次のどれかとして扱われます。
| 考え方 | 売手の処理 |
|---|---|
| ① 売手が、売上値引きとして処理する | 売上げに係る対価の返還等にあたる。原則は適格返還請求書の交付が必要だが、1万円未満なら免除。振込手数料は通常1万円未満なので、440円なら、交付は必要ない |
| ② 売手が、買手から代金決済上の役務（支払方法を指定したことへの便宜）を受けた対価として扱う | 売手の売上げ（10,000円）と、買手から受けた役務（440円）は、別の取引になる。売手が、440円の仕入税額控除を受けるには、買手から交付された適格請求書の保存が必要。または、売手が仕入明細書等を作って、買手の確認を受ける方法もある |
| ③ 買手が、売手のために振込手数料を立て替えたと扱う | 売手は、買手が金融機関から受け取った適格請求書と、買手が作った立替金精算書等の交付を受けて、仕入税額控除を行う。このとき、差し引く金額が、金融機関の振込手数料と同額である必要がある |
③でATMから振り込まれた場合、ATM手数料は「3万円未満の自動販売機・自動サービス機」の特例の対象になるため、金融機関の適格請求書や立替金精算書の保存は不要になります（要件を満たせば、帳簿のみの保存で仕入税額控除ができます）。
売上値引きなどの金額が1万円未満かどうかは、返還した金額や値引きの対象となる、請求や債権の単位ごとの減額で判定します（問28）。税率ごとに分けて判定するのではありません。国税庁の例は、次の2つです。
一般的な情報提供です。どの考え方になるかは、取引当事者間の契約関係などで決まります。個別の取引は、国税庁のQ&A（消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A）の原文や、税理士にご確認ください。
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